Consiguió seis mejores cronos consecutivos en los tramos de tierra cerca de Tartu para añadir un primer crono más en la breve especial de apertura del jueves por la noche.
Jon Armstrong le recortó algunos segundos en las dos últimas especiales del primer día completo de acción, pero Pajari terminó con una fuerte ventaja de 12.9 segundos en su Ford Fiesta Rally4 en esta tercera prueba de la serie para los jóvenes valores del deporte.
"Hemos intentado hacer un día perfecto con un ritmo que nos haga sentirnos cómodos", dijo Pajari. "El ritmo es realmente alto, así que no hay mucho margen para cometer errores y hasta ahora no hemos cometido ninguno.
"Creo que tenemos que mirar los resultados generales, no sólo tramo a tramo, y creo que todavía hay una buena lucha. Jon está bastante cerca de nosotros, así que será un día muy interesante para nosotros mañana".
El norirlandés Armstrong se ha metido en la lucha por el liderato. Tras superar a Martin Koči, se deshizo del eslovaco para cerrar el día con 23.4 segundos de ventaja. El líder del campeonato, Martins Sesks, se mantuvo cuarto, a 13.6 segundos de Koči.
Casi un minuto más atrás, en la quinta posición, se encontraba Lauri Joona, que perdió un puesto al sufrir una ponchadura en lel TC7. El rumano Raul Badiu completó los seis primeros puestos, con el irlandés Will Creighton en séptimo lugar.
La única baja del día fue la del piloto local Robert Virves. El estonio iba tercero cuando una rotura del eje de transmisión truncó su jornada en el TC3 de Otepää.